收集 “國土變更調查”成果、礦產資源儲量數據（含礦產資源儲量數據庫、礦產資源儲量登記數據庫）、海域海島動態監管數據等底圖數據和不動產登記信息管理基礎平臺宗地數據、森林資源管理“一張圖”成果等專題數據，對收集、整理完備的底圖數據和專題數據，按照《全民所有自然資源資產清查空間信息數據整合技術規程》要求，分別開展數據格式、數學基礎轉換及數據的補錄上圖等工作，制作清查單元工作“一張底圖”。

以全民所有自然資源資產清查范圍數據集為基準，開展對應門類規范專題數據集的空間套合、屬性關聯等工作，在工作范圍要素層和各專題數據實物量要素層之間分別進行空間數據裁切、掩膜處理等，套合提取清查工作范圍內專題數據圖斑要素或專題數據圖斑缺失的空間范圍（空洞圖斑），識別空間信息套合數據集各要素層中破碎圖斑、內部空洞和屬性字段問題，確立不同情況下的問題處理規則，并對數據進行規范化處理。對規范化處理完成的空間信息套合數據集各要素層開展拓撲檢查、面積量算等，形成全民所有自然資源資產清查實物量信息標準數據集。

國有建設用地裁切掩膜處理

對于基準地價體系比較完善的，如國有建設用地，利用基準地價成果與不動產登記平臺、土地動態監測監管信息系統的宗地使用權信息，采用修正后的基準地價級別價或經容積率修正后的宗地地價來估算建設用地的經濟價值；對于基準價格體系或標準體系不完善的，如國有農用地、礦產、森林、草原、海洋資源資產等，有條件的地區根據已有的基準價或標準確定清查價格，沒條件的地區將均質區域（礦產資源為標準礦山）的平均價格作為清查價格，進行經濟價值估算。

建立全民所有自然資源資產清查數據庫，包括土地、礦產、森林、草原、濕地和海洋等資源資產清查成果及專題數據庫。開展數據成果逐級核查與成果匯交，形成包括全民所有自然資源資產清查工作報告、技術報告、數據質檢報告、數據報表、數據集、專題圖在內的清查成果。